系所沿革
本系成立於民國七十二年八月，原係學士後醫學系，於七十三年二月招收首屆大學畢業具有學士學位之學生，修讀四年醫學課程，實習一年，自八十一學年起招收一般七年制醫學生，修讀六年課程，實習一年。學士後醫學制自八十三學年度起停招，兩種學制均授以醫學士學位。首任系主任由醫學院院長黃崑巖博士兼任。八十四學年度由黃國恩教授兼任。八十五學年度由王乃三博士兼任，九十年七月由宋瑞珍教授兼任，九十六學年度由林其和教授兼任，九十七學年度由薛尊仁教授專任系主任，一○一學年度由姚維仁教授專任系主任職務，一○六學年度由謝式洲教授專任系主任職務，一一二學年度由阮俊能教授專任系主任職務。
教學特色及教育目標
成大醫學系是國內第一所位於綜合大學校園內的醫學系，師資及課程安排多元，亦充分享有綜合大學豐富且多樣的社團活動，是一所注重人文修養與藝術薰陶的醫學院。醫學系有周密的導師制度，學生在課業及生活上受到良好的照顧。此外，本校醫學院與醫院毗鄰而設，基礎與臨床教育融合一體，為一所學術自由、創造力蓬勃的醫學院。
本系的教育目標是培育能夠提供完備的醫療照護能力的醫師，這樣的醫師必需具備相當的人文素養及醫學倫理精神，並有豐富的醫學知識良好的溝通能力及能利用科學方法解決問題；他（她）具有終身學習的態度，因此既是科學家也是社會的公民。
本系設立課程委員會，由教師與學生共同參與。教學方法朝向數位教學 、多媒體和網路教學發展，並增加問題導向學習（PBL） 及小班教學方式，以培養學生主學習和團隊合作精神。課程安排方面主要著重於：
成大醫學系畢業時應具有之基本素養與核心能力，其中基本素養包含：人文素養、醫學倫理專業、負責之公民，國際視野；核心能力為人際關係與溝通技巧、病人照顧、自我及終身學習、醫學專業知識、臨床決斷技能、科學方法解決問題。
發展計畫
設立核心貴重儀器共用實驗室，請專人負責，設有研究委員會，整合院內研究人員形成研究群，並統籌考核院內研究的進展，每半年報告計畫申請狀況，文章發表紀錄，推動教師系列專題演講（faculty seminar），表揚研究傑出教師等，期建立優良的學術研究氣氛。 大型計畫有教育部卓越計畫、科技部國家型計畫、國衛院研究中心發展計畫、或經濟部學界計畫……等。重點發展的研究主題包括癌症、心臟血管疾病、神經科學、再生醫學、感染性疾病、環境及職業醫學、生命倫理教育等。同時，並與國衛院共組臨床醫學研究組，擴建醫學中心、研究大樓與老年醫院，以及與科技部及中研院合作成立南科國家實驗動物中心與南科中研院生科中心
