醫學系設有系主任1名，並配置6名副系主任，分別負責教務、學務、招生、國際交流、公費生輔導，以及教師交流與人文藝術活動等業務；系內設有多個委員會，包括課程委員會、學生輔導委員會、招生委員會、臨床及校外實習委員會與教師評審委員會。在學科架構方面，醫學系共涵蓋8個基礎醫學學科與21個臨床醫學學科，其中基礎醫學學科包括解剖學科暨細胞生物與解剖學研究所、生物化學科暨生物化學暨分子生物學研究所、生理學科暨生理學研究所、微生物學科暨微生物及免疫學研究所、藥理學科暨藥理學研究所、工業衛生學科暨環境醫學研究所、寄生蟲學科，以及人文暨社會醫學科；臨床醫學學科則包含內科學科、外科學科、小兒學科、婦產學科、骨科學科、神經學科、精神學科、眼科學科、耳鼻喉學科、皮膚學科、泌尿學科、麻醉學科、復健學科、影像醫學科、家庭醫學科、急診學科、病理學科、職業及環境醫學科、腫瘤醫學科、高齡醫學科及法醫學科。