本系採多元入學制。入學管道包括：

• 大學考試分發入學
• 個人申請
• 繁星推薦

另外，針對外加名額的部分：

• 僑生：依據教育部「僑生回國就學及輔導辦法」招收僑生，由海外聯招會統一分發。
• 單獨招生：自106學年度起，本系新增「單獨招生」入學管道。
• 外國學生：依據教育部「外國學生來臺就學辦法」招收外國學生。
• 離島公費生：配合衛生福利部「原住民及離島地區醫事人員養成計畫」招生。
• 政府派駐國外工作人員子女：依據教育部「政府派赴國外工作人員子女返國入學辦法」招生。
• 原住民：依據教育部「原住民學生升等優待辦法」招生。
• 退伍軍人：依據教育部「退伍軍人報考高級中等以上學校優待辦法」招生。
• 公費生：配合衛生福利部「重點科別培公費醫師制度計畫」招生。