本系採多元入學制。入學管道有經由「大學考試分發入學」、「個人申請」及「繁星推薦」。

另外，針對外加名額的部分：

依據教育部「僑生回國就學及輔導辦法」招收僑生，由海外聯招會統一分發；自106學年度起，本系新增「單獨招生」之入學管道。
依據教育部「外國學生來臺就學辦法」，招收外國學生。
配合衛生福利部「原住民及離島地區醫事人員養成計畫」，招生離島公費生。
依據教育部「政府派赴國外工作人員子女返國入學辦法」，招收政府派赴國外工作人員子女。
依據教育部「原住民學生升等優待辦法」，招收原住民。
依據教育部「退伍軍人報考高級中等以上學校優待辦法」，招收退伍軍人。
配合衛生福利部「重點科別培公費醫師制度計畫」，招生公費生。